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cytoscape使用教程

cytoscape使用教程

的有关信息介绍如下:

cytoscape使用教程

最近在做网络构建的课题,用到了cytoscape软件,所以把软件的用法总结了一下。这个软件是基于JAVA的一款多功能软件,在安装好相应版本的JAVA环境之后,安装的cytoscape才可以正常运行。

导入数据,打开软件之后出现如下界面:

直接选择空的network用来导入数据,例如我选择了Arabidopsis,就出现了如下的界面,图示的是一个已经做好的网络的例子:

这是cytoscape软件用户界面。

单击文件——导入——网络

导入属性文件

最后导出图片:数据的导出可以是网络文件,表格文件或者是图片文件,图片文件包括多种图片格式以及pdf格式,对比图标的形态,下图所示的左侧两个是快速导入文件的图标:

此外,基于大量功能强大的插件的开发,以下的功能也很全面:GO分析、BiNGO、Pathway分析、CytoKegg、KEGGscape等